商業展開の告知ラッシュと同時に、ネット上では「最初から広告代理店が仕組んだ巨大なステマ（ステルスマーケティング）だったのではないか」という疑惑が爆発的に拡散しました。これが、瞬く間にトレンドを席巻した100日後に死ぬワニ 電通案件の真相を巡る大論争です。
疑惑の根拠とされたのは、グッズ展開に関わっていたプロデュース企業「株式会社ベイシックス」の代表者が元電通社員であったことや、いきものがかりの所属レーベル、商標出願のタイミングなどでした。掲示板やSNSでは連日、過去のツイートや企業相関図を特定する「鬼の首を取ったような検証作業」が繰り広げられ、100日後に死ぬワニ ネットの反応 経緯は単なる作品批判を超えて、大手広告代理店への不信感をぶつけるサイバーバッシングへと発展しました。
事態を重く見た関係者は、最終回翌日の夜、きくちゆうき氏といきものがかりの水野良樹氏による緊急生配信を実施。そこで語られたきくちゆうき インタビュー 公式発表において、作者本人は「電通は最初から関わっていない」「事故で亡くなった友人の死をきっかけに、個人で始めた漫画だった」と涙ながらに語りました。のちの公式見解や報道関係者の調査を総合すると、真相は「最初から電通が主導したプロジェクト」ではなく、「SNSで爆発的ヒットを記録した作品に対し、途中から代理店やプロデュース企業が参入し、最終回に合わせてマネタイズを一挙に仕掛けた」という構図が正確な事実です。しかし、一度火がついたネットの疑心暗鬼を鎮火させるには至りませんでした。
