ファンが最も注目していたバトルシステムも、時代に合わせて大胆なアップデートが施された。最大6人パーティによるコマンドバトルというシリーズ伝統の骨組みを守りつつ、シームレスなタクティカル要素を導入。特定の仲間同士が繰り出す代名詞的システム「協力攻撃（ユナイト攻撃）」は、圧倒的な3Dカットイン演出と連携技のバリエーションによって驚異的な没入感を実現している。
さらに注目の新要素が、移動要塞による「星間艦隊戦」だ。従来のイベント的な演出にとどまっていた大軍勢バトルが、各宿星の配置やプレイヤーの戦術的判断が直接勝利を左右するシミュレーションバトルへと昇華。仲間を集めれば集めるほど艦隊の機能が拡張される仕組みは、まさに仲間集めの醍醐味を極限まで引き出している。
