細田守監督による2006年版アニメは、筒井康隆の金字塔的SF小説『時をかける少女』の「続編」的ポジションとして制作されている。
原作の主人公である芳山和子(アニメ版では真琴の叔母「魔女叔母さん」)もまた、かつて未来人である深町一夫と恋に落ち、彼の記憶を消されたまま過去に置き去りにされた経験を持つ。叔母さんは長年、見知らぬ「誰か」を待ち続けていた。
しかし、真琴と千昭の物語は原作と大きく異なる。真琴は記憶を消されることなく、千昭の存在と記憶を抱きしめたまま未来へ歩み出した。この変革こそが、アニメ版が提示した新しい「その後」の希望なのだ。