鶏肉を扱う上で最も警戒すべきリスクが、食中毒菌であるカンピロバクターやサルモネラ属菌です。特にカンピロバクターは鶏の消化管内に高確率で保菌されており、加熱不足の鶏肉を摂取することで下痢や発熱、重篤な場合はギラン・バレー症候群などの後遺症を引き起こす危険性があります。
厚生労働省の食品衛生基準では、肉の中心部を「63度で30分間加熱」またはこれと同等以上の熱処理（75度で1分以上、60度なら約60分〜80分以上芯温を保持）することが義務付けられています。低温調理器を使用する際は、お湯の温度が設定値に達していても、厚みのある肉の中心温度が目標値に到達するまでに30〜40分程度のタイムラグがある点を見落としてはなりません。
食中毒の危険性を完全に排除するためには、肉を常温に戻さず冷蔵庫から出してすぐ調理バッグに入れること、調理前の手や器具の徹底したアルコール消毒、そして肉の厚みに応じた十分な加熱時間を確保することが欠かせません。
