さかなクンの現在の拠点は、自然豊かな千葉県館山市にあります。豊かな海と温暖な気候に魅せられ、20代の頃から館山に居を構えた彼は、現在そこに広大な自宅兼研究施設である通称「フィッシュハウス」を構えています。
この施設内には、特注の巨大水槽が何本も設置されており、館山近海で自ら採集した魚や全国から保護・寄贈された珍しい水生生物など、常時数百〜数千匹の魚たちが飼育・研究されています。ただ暮らすための住居ではなく、「魚たちが最も快適に生きられる環境」を最優先に設計されており、水温管理や水質ろ過装置に多額の設備投資が行われています。
館山市との関わりも深く、2012年には「館山ふるさと大使」の第1号に任命されました。地元の渚の駅たてやま内には「さかなクンギャラリー」が常設され、自作のイラストや剥製標本が無料公開されるなど、地域創生と海洋教育のシンボルとして地域住民からも深く愛されています。
