さかなクンと皇室の繋がりを語る上で欠かせないのが、上皇さま（当時の天皇陛下）との学術を通じた深い絆です。上皇さまはハゼ科の魚類分類を専門とされる世界的な魚類学者であり、お二人は「日本魚類学会」の会員同士という間柄でもあります。
2010年、京都大学の中坊徹次名誉教授からヒメマスのイラスト執筆を依頼されたさかなクンは、山梨県の西湖から取り寄せた標本の中に、かつて秋田県の田沢湖で絶滅したとされていた「クニマス」が生存していることを発見しました。70年ぶりとなる歴史的な大発見の立役者となったのです。
この大快挙を受け、上皇さまは同年12月の天皇誕生日前の記者会見において、次のように異例のお言葉を述べられました。
「この度のクニマスの発見は本当に奇跡的なことであり、その過程でさかなクンをはじめとする関係者の尽力に深く敬意を表します」
天皇が公式の会見で一般のタレント・研究者の名前を挙げて感謝と敬意を表明されるのは極めて異例のことでした。お二人の間には、単なる招待客と皇族という関係を超えた、同じ魚類研究者としての純粋な学問的リスペクトが確立されています。
