日本における組織の中枢を担っているのが、日本グランドロッジ（Grand Lodge of Japan）です。その本拠地は、東京都港区芝公園の東京タワーに隣接する「メソニック39森ビル（旧東京メソニックビル）」に置かれています。館内には儀式を執り行う壮麗なロッジルーム（礼拝堂のような空間）や事務局が設置されており、厳格な規律のもとで運営されています。
現在、フリーメイソンの日本国内会員数は約1,500人から2,000人規模と推定されています。かつては在日米軍関係者や駐在外国人が大半を占めていましたが、現在では日本人メンバーの比率も着実に増加しています。
日本国内には、日本グランドロッジの管轄下に複数の傘下ロッジが存在します。主な拠点（日本のロッジ一覧）は以下の通りです。
- 東京地区：東京ロッジ第2番、スクエア＆コンパスロッジ第3番、国際ロッジ第4番、日本ロッジ第7番など
- 関東・神奈川地区：横浜ロッジ第1番、横須賀ロッジ第10番、座間ロッジ第16番など
- 中部・関西地区：名古屋ロッジ第8番、京都御門ロッジ第5番、神戸ロッジ第9番、兵庫ロッジ第12番
- 九州・沖縄・東北地区：福岡ロッジ第15番、沖縄・北谷ロッジ、三沢ロッジなど米軍基地周辺主要都市
