これほどの名刀でありながら、近代以降、専門家の間で「京都国立博物館にある吉行は偽物（あるいは別物）ではないか」という疑惑が長らく囁かれていました。その最大の要因が、大正2年（1913年）に北海道釧路市で発生した坂本家当主宅の火災です。
当時、龍馬の遺品を管理していた坂本家の子孫宅が火災に見舞われ、吉行も猛火に包まれました。刀剣は高熱に晒されると焼きが戻って硬度と本来の刃文を失う「焼け身」となります。その後、刀工の手によって再び焼き直す「再刃（さいば / 焼刃）」が施されましたが、この処置によって吉行本来の特徴であった拳形丁子（こぶしがたちょうじ）や互の目（ぐのめ）乱れの刃文が消え、反りも失われて直刀に近い形状へと変化してしまったのです。
昭和初期から平成にかけて、一般的な土佐吉行の作風とあまりに乖離していたため、「火災で焼失し、別の刀が納められたのではないか」という懐疑論が根強く存在していました。
この歴史の霧を晴らしたのが、2015年に行われた京都国立博物館による大規模な学術再調査です。X線透過撮影や刀身の詳細な金属組成分析を実施した結果、以下の決定的な事実が判明しました。
- 茎（つか：柄に収まる部分）にある銘「吉行」のタガネ運びが、吉行の真作と完全に一致すること
- 再刃される前に存在した本来の刃文の痕跡が、刀身内部の組織にしっかりと残存していたこと
- 坂本家に代々伝来した文書記録および刀身に残るわずかな変形が、被災時の記録と整合すること
報道各社の取材や公式学術報告において、この調査成果は「紛れもなく龍馬が近江屋で佩用していた本物である」と結論づけられ、約100年に及ぶ真贋論争に決定的な終止符が打たれました。
