「敦賀以南はどうなるのか」という国民的な疑問に対し、現場取材で見えてくるのは幾重にも絡み合った構造的障壁です。小浜京都ルート難航の決定的な理由の筆頭に挙げられるのが、京都駅地下トンネル工事の課題です。京都市の地下には、琵琶湖に匹敵するとも称される膨大な地下水盆が存在します。歴史ある酒造業や伝統工芸の友禅染、さらには世界遺産群の建造物基礎を支える帯水層にシールドトンネルを掘削することに対し、専門家や地域社会からの反発は想像以上に強固でした。
地下約50メートル以深を利用する「大深度地下」工事であっても、一度破壊された地下水脈の復元は極めて困難です。加えて、発生する膨大な掘削残土（要対策土を含む）をどこに投棄するのかという受け入れ地問題も完全に暗礁に乗り上げています。
こうした状況を背景に勃発したのが、米原ルート再浮上の真相です。敦賀から琵琶湖東岸を南下し、滋賀県米原駅で東海道新幹線に接続する米原案は、建設距離が約50キロメートルと小浜・京都ルート（約140キロメートル）の3分の1強で済みます。建設費も1兆円台前半に抑えられ、工期も10年〜15年程度に短縮できるため、関西財界の一部幹部や滋賀県関係者から「現実的な打開策として再検証すべきだ」との直言が相次ぐ事態となっています。
