喜々津駅を利用する上で多くの乗客が勘違いしやすいのが、大村線方面へのアプローチです。喜々津駅は大村線の分岐駅ではありません。実際の線路分岐点は隣の諫早駅ですが、快速・区間快速シーサイドライナーは全列車が喜々津駅に停車し、そのまま諫早駅を経由して大村線へと直通します。
現地取材班が駅ホームおよび利用者に確認したところ、「大村・ハウステンボス・佐世保方面へ向かう場合、諫早駅でわざわざ乗り換える必要がない」という利便性を理解していない旅行者や転入者が散見されます。喜々津駅からシーサイドライナーに乗車すれば、新大村駅（新幹線・大村線乗換駅）や竹松駅、ハウステンボス駅まで座ったままダイレクトに移動が可能です。
一方で見落としてはならない盲点が、諫早駅における西九州新幹線「かもめ」への接続難易度です。長崎駅から諫早駅までは新幹線が数分で結ぶのに対し、喜々津駅には新幹線は停まりません。鳥栖・博多方面へ向かう場合、喜々津駅から普通列車または快速で諫早駅へ向かい、そこで新幹線「かもめ」へ乗り継ぐステップを踏むことになります。この際、乗り継ぎ標準時間が「5分」と案内されている便がありますが、長崎本線の普通列車にわずか2〜3分の遅延が発生しただけで、対面ホームではない新幹線乗り換え改札への移動が極めて慌ただしくなります。特にキャリーケースなどの大型手荷物を持っている場合は、1本前の列車で諫早駅に先着しておくリスク管理が強く推奨されます。
