幅広い疾患領域をカバーする兵庫医科大学病院の診療科一覧には、内科系・外科系の各専門領域をはじめ、小児科、産科婦人科、整形外科、脳神経外科、皮膚科、眼科、精神科神経科などが網羅されています。各領域において高度専門外来が細分化されており、難治性疾患や希少疾患に対するセカンドオピニオン外来も充実しています。
同院の医療体制において中核を担うのが兵庫医科大学病院のがんセンターです。都道府県がん診療連携拠点病院として、手術療法、化学療法（抗がん剤治療）、放射線治療を組み合わせた集学的治療を展開しています。手術支援ロボット「ダビンチ」を用いた低侵襲手術や、患者個々の遺伝子変異に合わせた治療薬を選択するがんゲノム医療など、先端医療の実績は関西屈指の規模を誇ります。
身体的な治療だけでなく、がん看護専門看護師やソーシャルワーカーによる「がん相談支援センター」や緩和ケアチームが常駐し、患者と家族の心理的・経済的負担を包括的にサポートする体制が整備されています。
