群馬総社駅の時刻表を読み解く上で最も基本的な構造は、路線上はJR上越線でありながら、渋川駅から分岐するJR吾妻線の列車が全便乗り入れている点です。線路としては1複線ですが、案内上は2系統が融合した高頻度区間として機能しています。
上り列車（新前橋・高崎方面）は、朝のピーク時間帯である午前7時台から8時台前半にかけて1時間に3〜4本が設定されています。新前橋駅で両毛線と合流し、ターミナル駅である高崎駅まで直通するため、高崎から上越・北陸新幹線、あるいはJR高崎線（上野東京ライン・湘南新宿ライン）へ乗り継ぐ通勤客にとって生命線といえます。日中時間帯（10時〜15時台）は、おおむね20分〜40分間隔（毎時2本程度）で推移します。
一方、下り列車（渋川・水上・長野原草津口方面）の運行パターンには細心の注意が求められます。下り列車は渋川駅を境に、水上方面へ向かう上越線と、中之条・長野原草津口方面へ向かう吾妻線へ分岐します。日中の群馬総社駅を出る下り列車は、「上越線水上行き」と「吾妻線大前・万座・鹿沢口行き」がおおむね交互に運行される構造です。渋川駅以北の目的地がどちらの路線上にあるかによって、有効な乗車列車が実質的に1時間に1本程度まで絞り込まれます。
平日ダイヤと土休日ダイヤの差異については、通勤・通学特化の朝7時台増発便の有無が中心であり、日中および夜間の基本運行パターンは共通性が高く設計されています。ただし、休日のレジャーシーズンには臨時特急や臨時快速列車が通過・運転されるため、駅構内の通過待ちによる停車時間の変動に注意を払う必要があります。
