近年、輸入鶏肉の安定供給を揺るがす大きな要因となっているのが、世界的な高病原性鳥インフルエンザ（HPAI）の感染動向です。
かつては「野鳥を含め1件でも発生すれば全土からの輸入を禁止する」という包括的な措置が取られていた時期もありました。しかし、2026年にブラジル国内の野鳥や裏庭飼育の家禽で感染が確認された際、日本政府および農林水産省はブラジル当局との間で「地域主義（コンパートメント化）」に基づく協定を実効化させました。
これにより、広大なブラジル全土から一律に輸入を差し止めるのではなく、発生が確認された特定の州（エスピリトサント州やサンタカタリーナ州の一部地域など）に限定して一時的な輸入停止措置を講じ、感染リスクのない他の清浄州からの輸入は継続する運用へとシフトしています。巨大な商業用養鶏施設においては、外気遮断や野鳥侵入防止ネット、従業員の厳格な衛生管理が徹底されており、商業農場での大規模アウトブレイクは最小限に抑えられています。
一部の州で一時的な停止措置が発動された際にも、他州からの代替調達ルートが確保されたことで、国内のスーパーや外食チェーンにおける深刻な供給途絶は回避されました。国境を越えた防疫体制の近代化により、輸入リスクはかつてよりも高度にコントロールされています。
