仏教の宗派において本山が2つ存在する形態は極めて珍しく、一般の参拝者からも「どちらが本山なのか」「何が違うのか」という疑問が頻繁に寄せられます。曹洞宗では釈迦牟尼仏を中心に、高祖・道元禅師（永平寺開山）と太祖・瑩山禅師（總持寺開山）を「一仏両祖（いちぶつりょうそ）」と称し、永平寺と總持寺を同格の両大本山と定めています。両寺の関係は「車の両輪」「鳥の双翼」に例えられますが、その性格と役割には明確な違いがあります。
福井の深山幽谷に位置する永平寺は「根本修行道場」としての色彩が強く、開祖・道元の「只管打坐（しかんたざ＝ただひたすら坐る）」の精神を純粋に追究し、外界から隔絶された厳格な修証を旨とします。山深い自然環境と静寂そのものが修行の場であり、伝統的な禅の原風景を色濃く残しています。
一方、横浜・鶴見の總持寺は「布教・教化・国際発信の拠点」としての役割を担います。瑩山禅師の大衆包摂の精神を受け継ぎ、開かれた禅寺として一般信徒や海外からの求道者を積極的に受け入れてきました。立地も首都圏の交通至便な場所にあり、広大な敷地内には鶴見大学をはじめとする教育機関も併設されるなど、社会と直結したダイナミックな活動を展開している点に際立った特徴があります。
