産業医科大学を語る上で最大の焦点となるのが、いわゆる「学費免除」の実態です。一般に私立大学医学部の6年間の学費総額は2,000万〜4,000万円超に達し、産業医科大学の正規学費も約3,049万円（2026年基準）と高額に設定されています。しかし、大半の学生が利用するのが「産業医学振興財団」による修学資金貸与制度です。
この修学資金貸与制度を利用すると、学生納付金のうち約1,919万円が修学資金として貸与され、自己負担額（実質納入額）は6年間で約1,130万円まで圧縮されます。これは一般的な私立医学部と比較して極めて低廉であり、国公立大学医学部（約350万円）よりは高いものの、一般家庭からでも現実的に進学可能な水準に設定されています。
そして、この貸与金が全額返還免除となる条件こそが、卒業後義務年限（貸与を受けた期間の1.5倍に相当する9年間）の指定勤務です。卒業後、臨床研修を含む9年間、産業医科大学関連病院、労災病院、または企業等の専属産業医として産業医学に関する業務に従事することで、貸与金の返還義務が完全に免除されます。単なる「無償化」ではなく、「産業医学の現場を支える専門医師を9年間務めること」を前提とした明確な契約関係に基づいている点に留意が必要です。
