受検を検討する上で最大のハードルとなるのが費用面です。民間の郵送検査キットを利用する場合、費用相場は1回あたり18,000円〜33,000円（税込）のレンジに集中しています。専門的なゲノム解析受託機関に検体を送付し、大規模データベースと照合する工程を挟むため、健康診断の検便のように数百円で受けられるものではありません。
ここで多くの人が抱くのが「医療機関を受診すれば健康保険が適用されるのではないか」という疑問です。取材に基づく結論から述べると、一般的な体質チェックや未病予防を目的とした腸内フローラ検査は、病院を受診した場合であっても公的医療保険の適用外（自由診療）となります。例外的に保険収載が認められているのは、重篤な大腸疾患である偽膜性腸炎（クロストリディオイデス・ディフィシル感染症）に対する便微生物叢移植（FMT）などの厳格な先進医療ルートに限られます。
もし医療機関で医師の問診・食事指導とセットで検査を受けたい場合、受診先は「消化器内科」「胃腸科」、あるいは予防医療に注力している「自由診療のアンチエイジング外来・内科クリニック」が窓口となります。病院で受検するメリットは、解析結果に基づき医師や管理栄養士から直接個別のアドバイスを受けられる点にありますが、検査費用に初診料やカウンセリング料が加算され、総額で3万5,000円〜5万円程度に達するケースも珍しくありません。
