境内を実際に歩くと、本殿の荘厳さとともに参拝者を圧倒するのが、境内社である龍蛇神の社（りゅうだしんのやしろ）と、豊かな鎮守の森「千年の杜」です。
龍蛇神は、出雲大社において神在月（旧暦10月）に全国から集う八百万の神々を先導する御使神（みつかいがみ）として崇敬される存在です。火難除け、水難除け、厄除開運、そして強力な金運・縁結びの導き手として知られ、相模分祠の龍蛇神の社には、特別な清々しい霊気が漂っています。
さらに境内奥に広がる「千年の杜」は、植物生態学の世界的権威である故・宮脇昭氏の指導のもと、土地本来の常緑広葉樹を植樹して再生された自然共生型の森です。この杜には、名水百選にも選ばれる秦野盆地の清らかな地下水が湧水として絶え間なく湧き出ています。
参拝者が持参したペットボトルや水筒に湧水を汲む姿が見られ、この「御神水」で身心を清めることが、相模分祠ならではの参拝ルーティンとして定着しています。木々の生命力と清澄な水が織りなす空間は、訪れる者の精神的ストレスをリセットする確かな浄化作用を持っています。
