年間を通じて最も船橋屋亀戸天神前本店が混み合うのが、亀戸天神社で毎年4月中旬から5月上旬にかけて開催される「藤まつり」のシーズンです。境内に咲き誇る見事な藤の花と太鼓橋、そして遠景の東京スカイツリーが織りなす絶景を目当てに、国内外から数十万人もの観光客が押し寄せます。
この期間中の船橋屋 亀戸天神 藤まつり混雑状況は、通常時とは桁違いの激しさを極めます。喫茶の待ち時間は最大で90〜120分（2時間待ち）に達することがあり、午前中の早い段階でその日の整理券配布が終了してしまうケースすらあります。また、店頭の元祖くず餅テイクアウト専用列も歩道に沿って数十メートル伸び、購入までに30〜45分程度並ぶことが常態化します。
藤まつり期間中に少しでも快適に楽しむための鉄則は、喫茶の開店時刻（10:00）より前の9:30前後に店頭へ到着し、整理券の発券を最優先することです。発券を済ませた後に境内の藤を鑑賞すれば、待ち時間のロスを大幅に削減できます。また、喫茶にこだわらず「くず餅を自宅で味わう」ことが目的であれば、境内に出店される臨時の持ち帰り特設ブースや、亀戸駅・錦糸町駅ビル内の常設店舗を利用するのも賢明な迂回ルートです。
アクセスと駐車場に関しては、事前に厳重な注意が必要です。店舗専用の駐車場は用意されておらず、周辺のコインパーキングも蔵前橋通り沿いを含めて軒並み満車となります。藤まつり期間中は周辺道路で大規模な渋滞が発生し、駐車料金も特別料金（上限なし設定など）に跳ね上がる傾向があるため、車での来訪は避けるのが無難です。
- JR総武線・東武亀戸線「亀戸駅」北口より：徒歩約11分（明治通りを北上し、蔵前橋通りを左折）
- JR総武線・東京メトロ半蔵門線「錦糸町駅」北口より：徒歩約10分（四ツ目通りを北上し、蔵前橋通りを右折）
- 都営バス利用：「亀戸天神前」停留所下車すぐ
