低温調理において最も警戒すべきなのが、細菌の繁殖による食中毒のリスクです。特にカンピロバクターやサルモネラ菌、ウェルシュ菌などは、中途半端な加熱温度（30℃〜50℃前後）で爆発的に増殖します。安全基準を満たしながら調理するために、以下の原則を厳格に守ってください。
まず、厚生労働省が定める加熱基準（中心温度63℃で30分以上、または75℃で1分以上と同等以上の加熱）を意識することが欠かせません。炊飯器に冷たい水を入れて保温スイッチを押しても、設定温度に達するまでに時間がかかり危険な温度帯が長く続いてしまいます。必ずあらかじめ70℃〜80℃に温めたお湯を内釜に注いでから食材を投入してください。
また、食材の中心までしっかり熱が伝わるよう、肉を冷凍のまま調理するのは厳禁です。必ず冷蔵庫で完全に解凍し、調理の30分前には室温に戻しておきます。調理後の保存にも注意が必要で、すぐに食べない場合は袋ごと氷水に浸して急速冷却し、速やかに冷蔵庫（または冷凍庫）へ移動させることが衛生管理の鉄則です。
