シリーズの根幹を流れるテーマは、国家の「公式記録（ホワイト）」から抹消された「非公式作戦（ブラックオプス）」と、主人公たちの精神崩壊・洗脳劇です。初代におけるメイソンの「数字の幻覚（ナンバーズ）」、BO2での宿敵ラウル・メネンデスとの因縁、そしてBOCWでのアドラーの冷徹な欺瞞。これらの歴史的伏線が最新作の物語へと集約されています。
本作のキャンペーンでは、湾岸戦争の裏で暗躍する謎の影の組織「パンテオン」の台頭と、CIA内部の裏切りがサスペンスフルに描かれます。セーフハウス（隠れ家）を拠点に仲間たちと対話し、証拠ボードから情報を整理して次の作戦を立案するRPGライクなシステムは、スパイ工作の臨場感を極限まで高めています。
ブラックオプス キャンペーン ストーリー考察において注目すべきは、「誰が敵で誰が味方なのか」という認識そのものを疑わせる多重構造のシナリオです。プレイヤーが信じてきた英雄たちが国家の都合で使い捨てられ、狂気と正義の境界線が曖昧になっていく演出は、単なる善悪二元論を超越した大人のミリタリーノベルとして深い余韻を残します。
