大阪市立総合医療センターを語る上で欠かせないのが、西日本随一の臨床実績を誇る2つの重要部門です。
その筆頭が大阪市立総合医療センターの小児医療センターです。小児血液腫瘍（小児がん）拠点病院に指定されており、小児心臓血管外科、新生児集中治療室（NICU）、小児救命救急センターなど、全国でも数少ない小児専門の高度医療チームを院内に包括しています。成人病棟とは独立した専用病棟を備え、プレイルームや院内学級（院内分校）を設置するなど、長期入院を余儀なくされる子どもたちと家族のQOL（生活の質）に配慮した体制が整えられています。小児外科手術や希少難病の症例数において、大阪府のみならず関西広域から信頼を寄せられる中核拠点です。
もう一つの柱が、365日24時間体制で心肺停止や重症外傷、急性脳卒中、急性冠症候群を受け入れる大阪市立総合医療センターの救命救急センター（高度救命救急センター）です。ドクターカーの運用やプレホスピタルケアから集中治療室（ICU）直結のラインを確立しており、大阪市北部・東部地域のプレッシャーを受け止める最後の防波堤として機能しています。地域全体の救急搬送を一手に引き受けるこの現場力こそが、同院の社会的信頼を揺るぎないものにしています。
