大和西大寺駅は3面6線の島式ホームで構成されており、行先が多岐にわたるため、初めて利用する旅行者が戸惑いやすい構造を持っています。しかし、基本的な配置ルールを把握しておけば極めてスムーズな移動が可能です。
構内の基本的なのりば配置は以下の通り整理されています。
- 1・2番のりば：近鉄奈良方面（奈良線下り）／天理・橿原神宮前方面（橿原線）
- 3・4番のりば：大阪難波・阪神神戸三宮方面（奈良線上り）／京都方面（京都線上り）
- 5番のりば：大阪難波方面／京都方面／橿原神宮前方面（系統複合ホーム）
- 6番のりば：主に橿原神宮前方面・京都方面
同一ホームでの対面乗り換え（例：京都発の急行から奈良行きの快速急行へ）が緻密にダイヤ設定されている一方、同じホームから異なる方面（大阪方面行きと京都方面行きなど）の列車が交互に発車するケースがあります。ホーム上の発車標（フルカラーLED案内）および足元の乗車位置案内を必ず確認することが誤乗を防ぐ鉄則です。
