大魚神社がこれほどまでに人々の心を惹きつけるのは、単なる自然の美しさだけでなく、背後に眠る歴史と伝説の重みがあるからです。神社に伝わる記録や地元保存会の伝承によると、その起源は約300年前の江戸時代（元禄年間）にまで遡ります。
当時、この地域を治めていた代官は悪政を敷き、住民を苦しめていました。怒った地元の若者たちは計略をめぐらせ、代官を酒宴に誘い出して泥酔させ、有明海に浮かぶ無人島「沖ノ島」へ置き去りにしました。目を覚ました代官は、満ちてくる潮によって島ごと海に沈みゆく絶体絶命の危機に直面します。
己の非を深く悟った代官が竜神に一心不乱に救いを祈ると、突如として海中から一頭の「大魚（巨大なエイ、あるいはイルカ・大魚）」が出現。代官はその背中に乗せられ、無事に岸まで生還を果たしたと伝えられています。
命を救われ改心した代官は、大魚への深い感謝と海上安全・大漁祈願を込めて「大魚神社」を建立しました。現在海中に並ぶ3基の鳥居は、本殿と沖合の沖ノ島を結ぶ直線上に建てられており、沖ノ島への遥拝所としての役割も果たしています。さらに、地元住民の手によって約30年ごとに鳥居が建て替えられる伝統が現代まで守り継がれており、地域の厚い信仰がこの景観を支えています。
