東北新幹線の運行停止において最も厄介な事態が、盛岡駅で行われる「はやぶさ」「こまち」の分割・併結運転に伴う連鎖遅延です。東京〜盛岡間を17両編成で疾走する両列車は、秋田新幹線（在来線直通区間）の運行ダイヤと完全に直結しています。
一度運転見合わせ区間が大宮〜仙台間などの基盤区間に設定されると、東京側の折り返し運用が完全に消滅するだけでなく、盛岡以北へ向かう「はやぶさ」や秋田へと分岐する「こまち」の車両繰りが根底から崩壊します。公式のはやぶさ・こまち運行情報において「併結を中止し、全区間で運休」あるいは「盛岡駅での接続待ち合わせを行わず単独運転」という緊急措置が取られるのは、ダイヤの乱れが秋田・山形・上越・北陸の各新幹線系統へ玉突き事故のように波及することを食い止める防波堤とするためです。
