研究者や教育関係者の間における村上氏の評判と人望は極めて高く、その影響力は広範な分野に及んでいます。教え子たちからは「極めて明晰な論理構成を持ちながら、常に学生の自主的な問いを大切にする指導者」として敬愛されてきました。
また、キリスト教精神に基づく全人教育にも深い理解を示し、東洋英和女学院大学の学長就任時には、女子高等教育におけるリベラルアーツの重要性を力説。単なる就職予備校化に抗い、豊かな教養と批判的精神を育てる教育現場の確立に尽力しました。人文科学と自然科学の分断を架橋する稀有な教養人として、メディアやシンクタンクの有識者会議などでも長年重責を担ってきました。
