東京六大学野球のペナントレースは、毎年春季（4月上旬〜5月下旬）と秋季（9月中旬〜11月上旬）の2シーズン制で開催されます。2026年の東京六大学野球の日程においても、原則として毎週土曜日・日曜日を基本に1カード2試合が行われ、1勝1敗となった場合は月曜日以降に第3戦（プロ野球併催時は日程変更あり）が組み込まれる変則日程となっています。
連盟の順位決定方式における最大の特徴が、他リーグで多く見られる勝率制とは異なる勝ち点制の仕組みです。同一対戦相手に対して「先に2勝を挙げたチーム」に勝ち点1が付与され、全5カードの対戦を通じて獲得した「勝ち点」の多さで最終順位を決定します。勝ち点が同数で並んだ場合のみ勝率で優劣を決め、勝率も同一の場合は優勝決定戦（プレーオフ）が実施されます。
この勝ち点制が生み出すのが、第3戦・第4戦にもつれ込む「泥沼の消耗戦」です。プロ野球のように引き分けで終わらせることができず、白黒がつくまで連戦が続くため、絶対的なエース1人に頼るチームは勝ち残れません。第2・第3先発の育成度合いや、継投のタイミング、控え野手の層の厚さが順位表の速報に直結するシビアなシステムとなっています。
