本作には多彩な個別キャラクターエンドに加え、特定の条件を満たした際のみに解放される特殊エンド、そして黄昏の真実へと迫るトゥルーエンドが存在します。エンディングの分岐は最終盤の選択肢によって任意に決定できますが、前提となるフラグを期間内に漏れなく回収しておかなければ選択肢自体が出現しません。
最大の目標となるトゥルーエンドの条件は、「エスカ編」および「ロジー編」の双方をクリアしたセーブデータが存在すること（2周目以降）、そして最終期までにロジーとエスカの間で交わされる一連の「約束のイベント」を完遂していることです。未踏遺跡の探索を進め、お互いの絆を深めるイベント群を漏れなく発生させることが絶対条件となります。
個別エンドの分岐フラグは、主に各キャラクターの「友好度」と固有イベントの進行度によって管理されます。アウィン、スレイア、レイファー、ルシル、リンカ、マリオン、そしてDX版・Plus版で追加されたニオやウィルベルなど、各キャラクターのイベント発生条件一覧を把握し、探索や戦闘へ積極的に同伴させることが重要です。
最終課題終了後、開発班の部屋で発生する選択肢において、条件を満たしたエンディングが一覧として提示されます。セーブデータを直前で残しておくことで、1回の周回終盤からロードを繰り返して複数の個別エンド（女子会エンド、大食い大会エンド、男子会エンド、官僚エンドなど）を一挙に回収することが可能です。
