物語の最大の謎であった「全人類を石化させた首謀者＝ホワイマン」の正体は、「独自の知性を持った機械生命体（石化装置メデューサそのものの集合体）」でした。彼らは生物ではなく、宇宙を漂流しながら自らの種を複製・維持するために寄生先を探すナノマシン型のデバイスです。
ホワイマンは、知的生命体に「石化による不老不死」というギフトを与え、その見返りとして自分たちのメンテナンス（電池交換やパーツ複製）を行わせようとしていました。地球人類の脳波を感知して石化光線を放ったものの、人類は石化を「攻撃」と捉えて活動を停止してしまったため、ホワイマンは「なぜ死なない身体を拒むのか」を理解できず、月面から「WHY（なぜ）」という信号を送り続けていたのです。
石神千空たち月面着陸チームは、兵器による殲滅ではなく「対話」を選択しました。地球の科学文明がまだ自分たちを量産・整備できる水準に達していないと判断したホワイマンの大半は、新たな知的生命体を求めて宇宙の彼方へと去っていきます。しかし、千空の果てしない好奇心と科学への情熱に惹かれた「たった1体のホワイマン」だけが地球に残り、人類と共存する道を選びました。
そして最終回（第232話）で千空が提示した究極のゴールこそが、「タイムマシンの建造」でした。石化から復活した仲間たちと共に、過去に石化や病気で命を落とした百夜をはじめとする先人たち、さらには全人類の過去の犠牲者をも救うため、千空は「不可能を可能にする科学の挑戦」を未来へ向けて宣言します。このエンディングは、単なるSF的な飛躍ではなく、「過去から受け継いだ科学のバトンを未来へ繋ぐ」という作品テーマの究極の結実と言えます。
