出張完了後、速やかにWEBから領収書を落とそうとして「ボタンが表示されない」「エラーで弾かれる」トラブルに直面する利用者が後を絶たない。取材班の検証によると、えきねっと領収書が出ない理由には、ユーザー側の単純な操作ミスにとどまらないシステムの物理的仕様が深く関係している。
最も多い盲点は、指定席券売機領収書受取との競合だ。新幹線eチケットではなく、駅の指定席券売機やみどりの窓口で一度でも紙のきっぷを発券・受取してしまうと、えきねっとのマイページ上では領収書発行ボタンが完全に非活性化する。JR東日本の基幹システムは「二重発行による不正経費精算の防止」を厳格にプログラムしているため、物理的なきっぷを発券した時点で、発行権限は駅の端末側へと移管される仕組みだ。券売機で発券する際に画面上で「領収書を発行する」ボタンを押し忘れると、WEB上では二重取得を警戒されて一切出力できなくなる。
さらに見落とされやすいのがえきねっと領収書アプリ対応の特殊な画面設計だ。スマートフォン向けのえきねっと公式アプリは、一見すると予約から決済、証憑管理まで完結できるように見える。しかし実際には、アプリ内でPDFデータをインライン展開してダイアログ印刷できる設計にはなっていない。アプリ上の「申込履歴」から領収書発行を選択しても、一度バックグラウンドでブラウザ（SafariやGoogle Chrome）の認証セッションに切り替わる。この連動過程で端末のポップアップブロックやcookie失効が起きると、画面が白転したまま停止し「アプリから領収書が出ない」という誤解を招く構造になっている。
また、窓口で乗車列車の変更や払戻を行ったり、駅レンタカーや宿泊ツアー（びゅうダイナミックパッケージ）を包括予約した場合も、個別きっぷ単体での領収書出力ボタンが画面上から消失する条件に該当する。まずは現状の予約ステータスがどの流通経路にあるかを整理することが先決だ。
