館内奥深くに位置する温泉スパ施設「THE SPA」は、八瀬の地下から湧き出る天然温泉を満喫できるリラクゼーション空間です。
野趣あふれる石造りの露天風呂からは、昼は陽光にきらめく樹々の緑、夜はライトアップされた幻想的な森と満天の星空を眺めることができます。泉質は肌触りの柔らかな単純温泉（低張性・弱アルカリ性）で、旅の疲れを芯から解きほぐしてくれる心地よさがあります。
内湯エリアには広々とした主浴槽のほか、ドライサウナや水風呂、バイブラバスが完備されており、サウナ愛好家からも高評価を得ています。静寂のなかで水音と風のそよぎだけを感じる湯浴みは、都会のホテルでは決して味わえない八瀬離宮ならではの醍醐味です。
