日大騒動が残した傷跡の中で、最も深刻な爪痕となったのが日本大学助成金不交付の決定です。日本私立学校振興・共済事業団により、2026年度、2026年度、2026年度と3年連続で国の運営費交付金（年間約90億円、累計270億円超）がゼロとなった事態は、いかに強大な日大の財政基盤といえども極めて重い打撃となりました。
報道各社の取材や現場教職員への聞き取りによると、この巨額の減収は日大の教育・研究現場に直接的な影を落としました。老朽化したキャンパス設備の改修延期、研究室への配分予算カット、非常勤講師のコマ数調整など、不祥事に何ら関与していない学生や真面目な研究者が煽りを食らう形となったのです。日大構内を取材すると、現役学生からは複雑な胸の内が聞かれます。
「就職活動の面接で『日大って今どうなってるの？』と苦笑い混じりに聞かれるのが本当に辛かった。悪いのはごく一部の人間なのに、大学の名前全体が傷つけられた」（法学部4年・男子学生）
「林理事長になってから、オープンキャンパスの雰囲気や女子学生向けの広報は明らかに明るくなった。でも、古い体質の先生たちが上層部の悪口を授業中にこぼすのを聞くと、根深いんだなと感じる」（文理学部3年・女子学生）
日大理事長ネットの反応を見ても、「林真理子氏ばかり矢面に立たされて気の毒だ」と同情を寄せる層と、「経営責任者として管理が甘すぎる」と断じる層で二極化が続いています。しかし、現場で奮闘する多くの教職員の間では、助成金停止という背水の陣を経験したことで、「過去の体質に戻れば大学自体が沈没する」という危機感が共有され、結果として改革への同意調達が進むという皮肉な現実も存在します。
