『スパロボV』における隠し要素は、単なる「特定マスへの移動」にとどまらず、作品を超えたキャラクター同士のドラマに連動したフラグ設計が施されています。特にファンからの関心が高いマリーダ・クルス（クシャトリヤ）の生存や、レーン・エイム（ペーネロペー）の加入、そして物語のクライマックスを左右するシークレットシナリオの発生フラグは、序盤から計画的に動かなければ回収が難しくなります。
本作の隠しフラグは、主に以下の3系統に大別されます。
1つ目は、シナリオ中の特定イベント戦闘をこなすことで加算される「内部ポイント制（ナナイポイント、マリーダポイント、カヲルポイントなど）」。2つ目は、主人公や特定パイロットの撃墜数を規定値まで引き上げる「撃墜数トリガー」。そして3つ目が、特定話数の特定座標にユニットを待機させる「座標探索型」です。これらを網羅的に把握しておくことが、1周目での全隠し要素コンプリートへの最短ルートとなります。
