反乱を起こした青年将校たちは、「天皇陛下のために立ち上がったのだから、必ずや自らの真意を理解していただける」と盲信していました。しかし、彼らを待っていたのは昭和天皇の激しい怒りと全面的な拒絶でした。
昭和天皇は事件の報告を受けると即座に強い不快感を示し、陸軍首脳部が「彼らの精神そのものは国を思う純粋なもの」と曖昧な態度でお茶を濁そうとした際、次のように厳しく叱責しました。
「朕自ら近衛師団を率いて鎮圧せん」――自らが信頼する重臣たちを殺傷し、軍の統帥権を乱した青年将校たちの行為は、天皇にとって忠義どころか「大権の侵害」に他ならなかったのです。
天皇の断固たる鎮圧意志を受け、迷走していた陸軍上層部も討伐へと方針を転換。発令されていた戒厳令に基づき、反乱部隊を「反乱軍」として正式に規定しました。宮城（皇居）を取り囲むように包囲網が敷かれ、投降を促す宣撫工作が行われた結果、将校たちは精神的支柱を失い、完全に孤立していきました。
