宿泊客の満足度を決定づける食事において、明神館は他の温泉旅館とは一線を画すアプローチをとっています。夕食の選択肢として、本格的なナチュレ・フレンチと、信州の伝統を昇華させたモダン会席の2大コースが用意されています。
特に高い評価を得ているのが、自家農園「扉農園」や近隣の契約農家から毎朝届く新鮮な無農薬・減農薬野菜を主役にしたフレンチです。濃厚な信州サーモンや信州プレミアム牛肉といった厳選食材を織り交ぜつつ、バターや生クリームを極力抑えて野菜本来の生命力を引き出す技法は、身体に優しく染み渡る味わいとして評判です。
専属ソムリエが厳選した長野県産ワイン（信州ワインバレー）とのペアリングも充実しており、料理一皿ごとに物語を感じさせるマリアージュを堪能できます。
