如意輪寺が若い女性や御朱印愛好家から熱烈な支持を集める最大の要因の一つが、かわいらしい手書きの限定御朱印です。寺務所では、住職や書き手の方々が、一体一体に色鮮やかなカエルのイラストや、心に染み入る温かい励ましの言葉を直筆で書き入れてくれます。
四季折々のモチーフ（桜、アジサイ、風鈴、紅葉、雪景色）があしらわれた季節限定デザインは、見ているだけで心が和む芸術品のようなクオリティです。ただし、丁寧な手書き対応ゆえに、混雑する休日には30分から1時間以上の待ち時間が発生することもあります。参拝直後にまず寺務所で御朱印帳を預け、番号札を受け取ってから境内をゆっくり散策するのが効率的な手順です。
また、授与品コーナーで大人気なのが「蛙おみくじ」です。陶器で作られた愛らしいカエルの置物の中におみくじが納められており、引いた後はお守りとして自宅に持ち帰ることができます。「交通安全（無事かえる）」「金運上昇（お金がかえる）」「健康長寿（若がえる）」など、具体的な祈願に合わせたお守りのバリエーションも豊富に揃っており、友人や家族への気の利いた贈り物としても喜ばれています。
