富士山の山頂に関してもう一つ世間を驚かせる事実が、「山頂（八合目以上）の大部分は国有地ではなく私有地である」という点です。その所有者は、静岡県富士宮市に本宮を置く富士山本宮浅間大社（ふじさんほんぐうせんげんたいしゃ）です。
この所有権の起源は江戸時代初期に遡ります。慶長9年（1604年）、富士山を篤く信仰していた徳川家康が関ヶ原の戦いの勝利に対する御礼として本殿などを寄進し、さらに1606年には山頂部（八合目以上）を富士山本宮浅間大社へ境内地として寄進しました。これにより、江戸時代を通じて山頂一帯は神社の境内として管理されることになります。
しかし、明治維新後の1871年（明治4年）、明治政府が発令した「上知令（あげちれい）」によって社寺の土地が強制的に国有化され、富士山頂も国の管理下に置かれてしまいました。戦後、宗教法人法が制定されたことを受け、浅間大社は「本来の境内地を返還してほしい」と国を相手取って訴訟を起こします。
裁判は長期化しましたが、1974年（昭和49年）の最高裁判決によって「八合目以上の土地は浅間大社の境内地である」ことが確定しました。その後、登山道や富士山測候所用地など公的利用に必要な一部の土地を除き、2004年（平成16年）に正式に国有地から神社へと土地が無償譲渡され、名実ともに浅間大社の私有地へと復帰を果たしました。
