貴船神社奥宮を訪れるにあたり、事前に把握しておくべき最大の難所が「交通アクセス」と「現地の道路事情」です。貴船エリアは山間の細い谷沿いに位置しており、週末や紅葉シーズン、夏の川床シーズンには極めて激しい混雑が発生します。
最寄りの鉄道駅は叡山電鉄「貴船口駅」です。ここから京都バス（33系統）に乗車して約5分でバス停「貴船」に到着し、そこから本宮まで徒歩約5分、奥宮まではさらに徒歩約10〜12分ほどを要します。貴船口駅から奥宮まで全行程を歩く場合は、緩やかな上り坂を約2キロメートル（所要約30〜40分）歩く計算になります。
特に注意すべきは自家用車やレンタカーでの移動です。貴船川沿いの道路は対向車とのすれ違いが困難なほど狭隘であり、本宮周辺や奥宮付近の有料駐車場は数台〜十数台規模と極めて収容台数が限られています。午前中の早い段階で満車になるケースが大半であり、路上での待機も道路交通上不可能です。現地を快適に巡るためには、出町柳駅周辺などの市街地に駐車し、叡山電鉄と路線バスを乗り継ぐ公共交通機関ルートの利用が鉄則となります。
