受験生が最も混乱しやすいのが、国立看護大学校と一般大学の違いです。通常の大学は文部科学省が所管する「学校教育法第1条」に定められた学校（1条校）ですが、国立看護大学校は厚生労働省の所管組織である国立研究開発法人国立国際医療研究センターが運営する「省庁大学校」に分類されます。
この管轄の違いから「大卒資格（学士）が得られないのではないか」「大学院進学で不利になるのではないか」という誤解がネット上などで散見されますが、これは事実と異なります。本校の4年課程を修了し、独立行政法人大学改革支援・学位授与機構の審査・試験に合格することで、一般大学と法的に全く同一の「学士（看護学）」が授与されます。病院就職時の大卒初任給の適用や、将来的な大学院進学・専門看護師（CNS）取得を目指す上でも、何一つハンデキャップを背負うことはありません。
むしろ、厚生労働省所管であることの恩恵はカリキュラムに色濃く反映されています。国の医療政策やグローバルヘルス（国際感染症対策・災害医療・途上国支援など）に直接携わる研究機関と直結しているため、単なる臨床看護の技術習得にとどまらず、政策医療や国際保健の最前線を1年次から体系的に学べる独自の教育基盤が整えられています。
