さらに海江田氏を追い詰めたのが、玄海原発の再稼働に向けた住民説明会において発覚した、九州電力による「やらせメール問題」でした。電力会社が社員らに再稼働賛成のメールを投稿させていた不正が明るみに出たことで、経済産業省と原子力安全・保安院の監督責任が激しく追及されました。
福島原発対応において、東京電力や官邸との間で板挟みになりながら陣頭指揮を執っていた海江田氏にとって、電力業界の旧態依然とした体質によるスキャンダルは致命的な打撃となりました。経産省の官僚組織を掌握しきれず、電力会社への不信感と国民の怒りを一身に浴びる構図となり、海江田氏の政治的立場は急速に悪化していったのです。