学校選びにおいて保護者が最も注視する指標の一つが進学実績です。海陽中等教育学校の卒業生数は1学年あたり約100名前後と、首都圏の大規模進学校（1学年300〜400名規模）に比べて非常に小規模です。この少人数編成を踏まえると、同校が叩き出す東大合格者数や難関国立大・医学部医学科への合格比率は、依然として全国トップクラスの濃度を誇っています。
取材データや公式発表資料によると、例年東京大学へは約10名前後、国公立大学医学部へも二桁の合格者をコンスタントに輩出しています。学年の約2割以上が東大・京大・旧帝大・医学部といった最難関ルートへ進学する計算になり、この比率は地方校としては傑出した成果と言えます。
ただし、この実績の内情を冷徹に分析すると、実績の相当部分を「特別給費生」として入学した特待層が牽引している構造が見て取れます。一般生が入学後に飛躍的な学力伸長を遂げて東大や医学部を掴み取るサクセスストーリーも数多く存在するものの、学年内での学力格差やモチベーションの乖離が進路指導上の課題として指摘される場面もあります。完全全寮制という環境が、高い自律性を持つ生徒には強烈なブースターとなる一方、受け身の生徒にとっては学習ペースの維持に苦心する分水嶺となっています。
