参拝の証として人気を集める御朱印についても、建長寺では独自の伝統と限定の魅力が用意されている。朱印所は総門を入ってすぐの場所に位置し、参拝前に御朱印帳を預けておくとスムーズだ。
建長寺でいただける代表的な御朱印は、本尊である「地蔵尊」の墨書。力強く流麗な筆致は、禅寺ならではの潔さと品格を漂わせている。さらに、鎌倉三十三観音霊場の第28番札所である「千手観音」や、鎌倉二十四地蔵尊の墨書も授与されている。
特別拝観期間や季節の行事(初詣、開山忌、紅葉シーズンなど)に合わせて、数量限定の特別紙仕様や和紙に蒔絵をあしらった「限定御朱印」が頒布されることがある。2026年の春季・秋季限定御朱印は、法堂の雲龍図を模した限定デザインが話題を呼んでおり、旅の特別な記念として入手を望む参拝者が絶えない。参拝当日の受付状況や限定御朱印の有無は、境内の案内板や授与所で確認しておくと安心だ。