捜査関係者の情報によると、内堀組の組織図は上層部の意向を迅速に伝達するピラミッド型の強固な指揮系統で構築されています。組長代行、若頭、舎弟頭といった中核ポストには、山川一家時代から苦楽を共にした古参幹部や、実戦経験豊富な直参が配置されてきました。
幹部体制の特徴として挙げられるのは、他団体との摩擦を最小限に抑える「外交派」の重用と、若手・中堅層の引き締め役となる「武闘派」のバランス配置です。六代目山口組の中核組織である弘道会など他団体首脳陣とも太いパイプを維持しており、緊密な連絡網によって偶発的なトラブルの即時解決が図られる構造が整えられています。