本作の脚本を手掛けた黒岩勉による伏線回収の見事さは、最終回の随所に散りばめられていました。序盤から提示されていた「なぜ犯行現場に痕跡が一切残らないのか」「特効薬の製造がなぜ特定の人物にしかできなかったのか」という疑問は、すべて奈良の異常な科学的才能へと一本の線で繋がります。
特に視聴者の間で激しい議論を呼んだのが、ドラマ『ギフト』のラストシーンと登場人物の生死を巡る描写です。
事件が解決し、明鏡医科大学付属病院の腐敗が一掃された後、藤巻は病理医としての誇りを取り戻し、久留米とともに新たな研究の道を歩み始めます。逮捕された白鳥や奈良の身柄は司法へと委ねられ、一連のバイオテロの脅威は去ったかに見えました。しかし、物語のエピローグで映し出された研究室の片隅には、厳重に保管されていたはずのシャーレと、そこに刻まれた「不穏なナンバリング」が残されていました。
ネット上の考察班の間では、「奈良が開発した球菌はまだ外部のブラックマーケットに流出しているのではないか」「安曇杏梨（倉科カナ）ら政財界のフィクサーが第二のギフトを保持しているのではないか」といった黒幕残存説・続編への布石が急速に浮上しました。完全犯罪の種は決して根絶されたわけではなく、人間の欲望がある限り再び芽吹くという警鐘を鳴らす、戦慄のエンディングとなっています。
