那覇空港の旅客ターミナルビルにおいて、国内線ANA便のチェックインカウンターは3階出発ロビーの北側（向かって左手エリア）に集約されています。ゆいレール那覇空港駅の改札口はターミナル2階と直結しているため、モノレール利用で手荷物を預ける必要がある場合は、まずエスカレーターで3階へ上がる動線になる点を把握しておきましょう。
手荷物の預け入れがない「スマートトラベル（SKiPサービス後継のオンラインチェックイン）」利用者は、3階へ上がることなく2階の「出発口A・B」保安検査場へ直接進むことが可能です。この階層構造を理解しているだけでも、移動にかかる無駄な時間を大きく削減できます。
一方、那覇空港に到着したANA便の利用者は1階到着ロビー（到着口A）へと案内されます。宮古・石垣などの離島路線や他社便への乗り継ぎがある場合、那覇空港におけるANA便の到着口から出発フロアへの移動は、手荷物のスルー受け取り手続きが済んでいれば制限エリア内の専用カウンターおよび案内表示に従ってスムーズにトランジット可能です。手荷物を一度引き取る必要がある航空会社間の乗り継ぎでは、最低でも40分〜60分以上の乗り継ぎ時間（MCT）を確保しておくのが鉄則です。
