首都直下地震などの自然災害に備えた防災拠点としての機能も隙がない。病院本館には最新の免震構造が採用されており、激しい揺れの中でも医療機器の転倒や破損を防止する。自家発電設備は大型燃料タンクを備え、インフラが遮断された状態でも最低72時間の連続運用が可能だ。
屋上に設置されたヘリポートは広域搬送の要として機能し、災害時には県内外の医療機関や防災ヘリと連携した広域医療搬送のハブとなる。定期的に行われる大規模災害訓練では、多数傷病者の受入・トリアージ手順を厳しく検証し、実効性の高い運用能力を維持している。