水耕栽培のトマトは、土の物理的抵抗を受けずに根が伸びるため、栄養成長（茎や葉を伸ばす力）が土耕の数倍激しくなります。そのまま放置するとジャングルのように葉が茂り、実へ糖分が回らなくなります。そこで欠かせないのが適切な樹勢コントロールです。
まず実践すべきはトマト水耕栽培わき芽かき剪定です。主枝と葉の付け根から斜め45度に伸びてくる「わき芽」は、長さが3〜5cmに達した段階で、晴れた日の午前中に手で横に倒して折り取ります。ハサミを使うとウイルス病（モザイク病など）を媒介する恐れがあるため、指先で清潔に掻き取るのが基本です。主枝1本だけを真っ直ぐ伸ばす「一本仕立て」を維持することで、すべての果房に光が均等に届き、風通しも確保されます。
次に、培地に土がない水耕栽培特有の課題となるのがトマト水耕栽培支柱立て方です。土耕のように棒を地面に突き刺すことができないため、支柱が不安定になりがちです。解決策として、容器の外枠に角材や塩ビパイプで頑丈なフレームを組むか、天井やカーテンレールから麻ひもを垂らし、専用の誘引クリップで主枝を吊り上げていく「紐誘引（ひもゆういん）方式」が極めて合理的です。植物工場でも採用されるこの方法は、狭い室内空間でも茎を傷つけず、自由自在に高さを制御できます。
そして多くの栽培者が悩む「水耕トマトは水っぽくて味が薄い」という課題を覆すのが、トマト水耕栽培糖度を上げる方法です。土耕栽培では「水やりを極限まで断つ（水ストレス）」ことで糖度を高めるのが常識ですが、水耕栽培で水やりを断つことは即座の枯死を意味します。
水耕で糖度を人為的に高める正攻法は、「浸透圧ストレス（高EC管理）」です。第3果房の実がピンポン球サイズに膨らんだ着果肥大期以降、培養液の濃度（EC値：電気伝導度）を通常時の1.2〜1.5mS/cmから、徐々に2.2〜2.8mS/cmまで引き上げます。根の周囲のイオン濃度を高めることで、植物側から見れば「水分を吸い上げにくい環境」が人工的に作り出されます。するとトマトは細胞内の糖度を急上昇させて浸透圧を対抗させようとするため、結果として果実に糖分やアミノ酸が凝縮され、糖度8〜10度に達する高糖度フルーツトマトが完成します。
