JELLY JELLY CAFEの最大の魅力は、シンプルで明朗な時間制パックプランにあります。店舗や曜日によって細かな差異はあるものの、基本的なJELLY JELLY CAFE 料金システムは「デイタイム（昼の部）」と「ナイトタイム（夜の部）」の2部制を採用しています。
平日のデイタイム（13:00〜18:00）は2,000円前後（1ドリンク付き）、休日のデイタイムは2,500円前後（1ドリンク付き）で最大5時間滞在可能です。一方、18:00から閉店（23:00頃）までのJELLY JELLY CAFE ナイトタイムも同水準の料金設定となっており、仕事帰りやディナー後のレジャーとしても利用しやすい価格帯が維持されています。さらに、昼夜を通して遊び尽くしたい方向けに「オールデイプラン（平日3,000円前後／休日4,000円前後）」が用意されている店舗も多く、長時間のセッションにも適しています。
特筆すべきは、料金内に「1ドリンク」が含まれている点と「途中退室が自由」である点です。近隣の飲食店でランチや買い出しを済ませてから再入場できる柔軟な仕組みが、長時間の滞在をストレスフリーにしています。
