物語の核となるのが、武装警官として突入した2人の主人公（CHAGEとASKAをモデルとした警官）が、カルト宗教団体「聖ノヴァズ」の施設内で発見する「翼を持つ少女」です。ゴミや瓦礫の中に無残に倒れていた彼女の姿は、観る者に強烈な衝撃を与えます。
この翼の少女の正体については、長年にわたり多様なジブリ考察が交わされてきました。人工的な遺伝子操作によって生み出されたミュータントなのか、あるいは汚染された世界に舞い降りた本物の天使なのか――。宮崎監督は彼女について明確な出自を語っていませんが、「汚染された世界で唯一、汚れなき自然や希望の象徴」として配置したと解釈するのが極めて自然です。
研究機関に隔離されそうになった少女を、2人の警官は法を犯し、自らのキャリアと命を危険に晒してまで奪還します。彼女を助ける動機について、劇中で高尚な大義名分は語られません。「ただ、彼女を青空へ帰したい」という剥き出しの純粋な衝動こそが、硬直化した管理社会に風穴を開ける原動力となっているのです。
