数ある淡水生体の中で、金魚の混泳相手として長年揺るぎない支持を集めているのがドジョウ類と石巻貝です。これらが推奨される背景には、生体力学および生態学的住み分けの明確な根拠が存在します。
日本固有の淡水魚であるマドジョウやシマドジョウ、ホトケドジョウは、金魚と生息水温帯（10〜26℃）や好む中性〜弱アルカリ性の水質が完全に合致しています。何より決定的なのは「生活する遊泳層の違い」です。金魚が中層から水面を活発に泳ぎ回るのに対し、ドジョウは水底（底床）に潜り込んで過ごします。餌の取り合いによる干渉が起きず、金魚が食べこぼして底砂の隙間に沈んだ沈殿飼料をドジョウが綺麗に掘り起こして食べるため、水質悪化を防ぐ強力なメンテナンス要員としても機能します。
また、コケ取り生体として定番の石巻貝やカノコガイも極めて安全です。金魚は好奇心から水槽内のあらゆる突起物を突つきますが、石巻貝は強固な貝殻で身を守り、強靭な吸着力でガラス面や流木に張り付くため、成貝サイズ（殻高1.5cm以上）であれば金魚に捕食される心配がありません。ただし、金魚が砂利ごと口に含んで吐き出す習性があるため、稚貝や小型のスネール類は破砕・誤飲される恐れがあります。導入時は必ず「金魚の口の最大開口部よりも大きい個体」を選別することが鉄則です。
日本の河川に生息するタナゴ類（タイリクバラタナゴ、ヤリタナゴ等）も、水温や水質の適応範囲という点では金魚と同居可能です。ただし、タナゴは遊泳スピードが非常に俊敏なため、泳ぎの速い「和金」や「コメット」との混泳に限られます。動きの遅い高級丸型金魚と混ぜると、タナゴが餌を独占して金魚が餓死する原因となるため、品種の組み合わせには細心の注意を払わなければなりません。
