京本家の家族構成は、父の京本政樹さん、母の山本博美(やまもと ひろみ)さん、そして長男である京本大我さんの3人家族です。大我さんに兄弟や姉妹はおらず、一人っ子として両親の愛情を一身に受けて育ちました。
母の山本博美さんは、1980年代前半に3人組女性アイドルグループ「きゃんきゃん」のセンターとして活躍した元アイドルです。活動休止後はタレントや女優として活動していましたが、1992年に京本政樹さんと結婚し、芸能界を完全に引退して家庭を支える道を選びました。
大我さんは幼少期から、父のアーティスティックな感性と母の朗らかな優しさに囲まれて育ちました。家庭内では仕事の愚痴を持ち込まない父の背中を見つめつつ、母の手料理と手厚いサポートを受けながら、豊かな感性を育んでいったことが知られています。